E-facture et auto-entrepreneur : ce qu'il faut faire

La question revient sans cesse : « je suis auto-entrepreneur, je ne facture pas de TVA, est-ce que la facturation électronique me concerne ? » La réponse est oui — et elle vous concerne déjà en partie.

Oui, la franchise en base ne vous exonère pas

L'administration est explicite : les entreprises assujetties à la TVA établies en France sont concernées, « y compris lorsqu'elles bénéficient de la franchise en base de TVA (par exemple un micro-entrepreneur) ».

La confusion vient du vocabulaire. Être en franchise en base signifie que vous ne collectez pas la TVA : vous restez un assujetti, simplement non redevable. La réforme s'adresse aux assujettis.

Ce qui s'applique déjà, et ce qui arrive

Depuis le 1er septembre 2026 : vous devez être en mesure de recevoir des factures électroniques. Vos fournisseurs soumis à l'obligation d'émettre les envoient déjà par plateforme — votre abonnement logiciel, votre hébergeur, votre expert-comptable.

À partir du 1er septembre 2027 : vous devrez émettre vos factures au format électronique, et transmettre vos données de transaction.

Un an, ce n'est pas long quand il faut changer d'outil, nettoyer un fichier clients et prendre de nouvelles habitudes.

Ce que ça change pour vos factures

Aujourd'hui, vous éditez sans doute un PDF que vous envoyez par courriel. Demain, la facture part vers une plateforme agréée, qui la remet à celle de votre client. Trois conséquences pratiques :

Vous avez besoin du SIREN de vos clients professionnels. C'est la clé d'acheminement. Sans lui, la facture ne part pas.
Vous ne saurez plus « si le mail est arrivé » — vous saurez mieux. La plateforme rend des statuts : déposée, reçue, acceptée, refusée, payée. La relance devient factuelle.
La mention de franchise en base reste obligatoire. « TVA non applicable, article 293 B du CGI » doit continuer à figurer sur vos factures, dans la version électronique comme dans le PDF.

Et vos clients particuliers ?

Une facture adressée à un particulier ne passe pas par le circuit inter-entreprises : le particulier n'est pas assujetti. Vous continuerez à lui remettre une facture ordinaire. En revanche, les données de ces ventes devront être transmises à l'administration au titre de l'e-reporting, à partir de la même échéance de septembre 2027.

Pour un indépendant qui travaille surtout avec des entreprises, l'e-reporting restera marginal. Pour un artisan ou un commerçant qui vend aux particuliers, c'est au contraire l'essentiel du sujet.

Les quatre choses à faire, sans attendre 2027

1. Vérifier que vous pouvez recevoir

C'est l'obligation déjà en vigueur, et la plus simple à éprouver. Demandez à un fournisseur déjà équipé de vous adresser une facture, et vérifiez qu'elle vous parvient. Si vous n'avez pas de plateforme, vous ne la recevrez pas — et une facture d'achat non reçue est une charge que vous ne déduisez pas.

2. Nettoyer votre fichier clients

Pour chaque client professionnel : la raison sociale exacte, le SIREN, l'adresse de facturation. C'est fastidieux, cela ne demande aucune compétence technique, et c'est ce qui bloque le jour J.

3. Choisir un outil raccordé

Deux options : contracter avec une plateforme agréée et l'articuler à votre logiciel, ou choisir un logiciel qui en intègre déjà une. Pour une activité individuelle, la seconde est presque toujours la bonne : un seul contrat, un seul écran, un seul interlocuteur.

4. Reprendre vos numérotations

La numérotation doit rester continue et sans trou. Si vous changez d'outil, reprenez la suite existante plutôt que de repartir de 1 — un contrôle s'en aperçoit immédiatement.

Combien ça coûte ?

C'est la crainte la plus répandue, et la réponse est plutôt rassurante : la conformité n'est pas réservée à ceux qui paient cher. Chez MyFact, l'offre Autoentrepreneur est à 5,99 € par mois et comprend dix envois électroniques par mois ; l'offre Découverte, gratuite, permet d'essayer, avec un envoi. Sur toutes les offres, la réception est incluse et sans limite. Ce qui coûte cher, ce n'est pas l'outil : c'est de découvrir en septembre 2027 qu'il faut tout changer en urgence.

Les questions qu'on nous pose

« Puis-je continuer à envoyer mes factures par mail ? » À un particulier, oui. À une entreprise française, non, à partir de votre échéance d'émission.

« Dois-je m'inscrire quelque part ? » Vous devez être joignable via l'annuaire, ce que fait la plateforme pour vous lorsque vous lui donnez mandat.

« Que deviennent mes anciennes factures ? » Elles restent valides et doivent être conservées selon les règles habituelles. Vous pouvez les importer dans votre nouvel outil pour garder un historique unique — MyFact lit les PDF existants et crée les documents correspondants, que vous vérifiez avant validation.

« Et si je suis en dessous des seuils de la micro-entreprise ? » Les seuils servent à déterminer votre date d'obligation d'émission, pas à vous en exonérer.

Ce qu'il faut retenir

Vous êtes concerné, la réception s'applique déjà, l'émission arrive en septembre 2027. Le chantier n'est pas technique : il est surtout fait de données propres et d'un outil raccordé. Pris un an à l'avance, il représente une après-midi de travail. Pris la veille, c'est une activité à l'arrêt.

Un exemple concret : une mission à 3 000 €

Vous décrochez une mission de conseil à 3 000 €, payable en deux fois, auprès d'une PME française. Voici ce que devient ce dossier après septembre 2027.

À la commande, vous émettez un devis. Rien ne change : le devis n'entre pas dans le champ de la réforme.

À l'acompte de 1 500 €, vous émettez une facture d'acompte. Elle part par la plateforme, comme une facture ordinaire, et suit les mêmes statuts.

À la livraison, vous émettez la facture de solde. Votre client la reçoit dans son propre outil ; s'il la refuse — une référence de commande manquante, par exemple — vous le voyez, avec le motif.

Au paiement, vous constatez l'encaissement. Comme il s'agit d'une prestation de services, la date et le montant de l'encaissement nourrissent l'e-reporting de paiement.

Ce qui change vraiment dans cette séquence tient en une phrase : vous savez, à chaque étape, où en est votre facture. Le « je crois qu'ils ne l'ont pas reçue » disparaît.

Ce qui ne change pas

Beaucoup d'inquiétudes portent sur des points qui, en réalité, restent identiques.

Vos obligations comptables de micro-entrepreneur : le livre des recettes reste le livre des recettes.
Vos seuils de chiffre d'affaires et votre régime social ne sont pas touchés par la réforme.
La franchise en base continue de s'appliquer selon ses propres règles, et sa mention reste obligatoire sur vos factures.
Vos devis, contrats et relances ne passent pas par la plateforme : seule la facture emprunte ce circuit.

La liste à cocher, d'ici septembre 2027

[ ] Je peux recevoir une facture électronique, et je l'ai vérifié avec un vrai fournisseur.
[ ] Chaque client professionnel de mon fichier a un SIREN renseigné et exact.
[ ] Mon logiciel est raccordé à une plateforme agréée, ou je sais par laquelle je passerai.
[ ] Ma numérotation est continue, et je sais comment la reprendre si je change d'outil.
[ ] Mes factures portent les mentions obligatoires, franchise en base comprise.
[ ] Je sais où arrivent mes factures d'achat, et je les relève au moins une fois par semaine.
[ ] Je rapproche mes encaissements au fil de l'eau, pas une fois par trimestre.

Sept lignes, dont aucune n'est technique. C'est tout l'enjeu : la réforme récompense les dossiers tenus, et sanctionne les approximations qu'on laissait passer jusqu'ici.

Sources

entreprendre.service-public.gouv.fr — Facturation électronique entre entreprises (page vérifiée le 7 août 2026 ; franchise en base expressément visée)
impots.gouv.fr — À partir de quand suis-je concerné par la réforme ?

Article rédigé le 22 septembre 2026. La mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI » et les règles de numérotation sont à confirmer avec votre expert-comptable avant publication.